Den inhaltlichen Schwerpunkt der ZIS bildet dabei der Erwerb, die Analyse und kritische Diskussion der klassisch-islamischen Wissenschaften (Koranexegese, Ḥadīṯwissenschaft, Islamisches Recht, Systematische Theologie usw.) und ihrer Methodologien, sowie die Erschließung und Diskussion neuer Fächer (Islamische Religionspädagogik, Gemeindepädagogik, Homiletik).

Obgleich die theologische Auseinandersetzung mit der Religion des Islams im Fokus der ZIS steht, sind ebenfalls kulturelle und ästhetische Aspekte muslimischer Lebenswirklichkeiten (Musik, Kalligraphie, Architektur) und in dem selben Maße gesellschaftspolitische Herausforderungen rund um das Thema Islam und Muslim*innen im deutsch-europäischen Kontext Gegenstände ihrer Auseinandersetzung.

Dabei werden aktuelle Themen aus dem Bereich des interreligiösen Dialogs genauso berücksichtigt, wie Inhalte aus den Bereichen der Gender- und Postcolonial Studies.

Ferner werden Beiträge muslimischer Theolog*innen internationalen Ranges übersetzt und veröffentlicht, damit neue Impulse für die islamisch-theologische Auseinandersetzung in Deutschland gesetzt werden und eine intellektuell lebendige Diskussionskultur sich weiterentwickeln kann.